Travail distanciel 1 : vendredi 06/03

Général

Complétez votre ficher de présentation https://tinyurl.com/dubii20-apprenants.

Pensez à ajouter une photo et des illustrations de votre sujet de recherche (graphiques, images…)

Unix

1. Refaites les tutos des séances 1 et 2, mais cette fois sur le cluster de l’IFB.
2. Répondez à la la question 9 de la séance 2, partie 2.3, rubrique “Le pipe |”.
3. Transférez un petit fichier depuis votre ordinateur du labo ou à la maison vers votre compte sur le cluster.
4. En vous inspirant de la rubrique “Compression et achivage” de la séance 2, ainsi que de tout ce que vous avez appris lors de la session 3, écrivez un script Slurm qui décompresse une archive avec les commandes srun et tar. Lancez ensuite ce script avec sbatch. Vérifiez que vous obtenez le résultat attendu.

Python

• lire le chapitre 7. Fichiers
• lire le chapitre 8. Modules
• faire les exercices sur les boucles (5.4.10 et 5.4.11)
• faire un exercice sur les tests (6.7.9 méthode 1)
• faire les exercices sur les fichiers (7.7.1, 7.7.2 et 7.7.3)

R

Terminer les exercices des deux séances de cette semaine.

Projet tutoré

Réaliser une première version, éventuellement incomplête, de l’organigramme (flowchart) qui expose la logique de votre projet d’analyse bioinformatique avec les étapes principales envisagées. Utiliser pour cela le logiciel draw.io et choisir le type Flowcharts puis un des modèles proposés approprié à votre projet tutoré.

• Date de remise sur moodle : lundi 9 mars 2020
• Date de présentation devant l’équipe pédagogique : 24 & 25 mars, 31 mars & 1er avril