Notebook Jupyter “Extraction de séquences”

Ouvrez une session sur le Jupyter Hub de l’IFB.

Ouvrez ensuite un terminal Bash.

Dans votre répertoire de travail (/shared/projects/dubii2021/login) où login est votre identifiant sur le cluster, créez le répertoire module-2-extraction-seq puis déplacez-vous dans ce répertoire.

Téléchargement et préparation des fichiers

Depuis le terminal Bash sur le Jupyter Hub, téléchargez les fichiers nécessaires pour le projet en exécutant les 3 instructions Bash ci-dessous :

wget https://raw.githubusercontent.com/DU-Bii/module-2-Python/master/evaluations/extraction_seq/extract-seq.ipynb
wget https://raw.githubusercontent.com/DU-Bii/module-2-Python/master/evaluations/extraction_seq/S_cerevisiae_annotations.gff
wget https://raw.githubusercontent.com/DU-Bii/module-2-Python/master/evaluations/extraction_seq/S_cerevisiae_chromosomes.fna

Vérifiez que vous avez les 3 fichiers suivants dans votre répertoire :

extract-seq.ipynb
S_cerevisiae_annotations.gff
S_cerevisiae_chromosomes.fna

Renommer ensuite le notebooks extract-seq.ipynb en extract-seq-login.ipynb où login est votre identifiant sur le cluster.

Extraction de séquences avec Python

Dans l’interface Jupyter Lab, ouvrez enfin le notebook extract-seq-login.ipynb (où login est toujours votre identifiant sur le cluster).

Suivez les instructions et complétez le notebook.

Rendu

Vous déposerez votre notebook aux formats .ipynb et .html (menu File -> Export Notebook As -> Export Notebook to HTML) via ce questionnaire.