DU-Bii - Module 6 - Bioinformatique intégrative - Examen 2019

Jeu de données

A partir des données transcriptomiques du projet The Cancer Genome Atlas (TCGA), nous avons effectué une analyse du transcriptome (RNA-seq) pour détecter les gènes différentiellement exprimés entre patients ALL avec un pronostic “Poor” versus “Favorable”. Vous connaissez déjà ce jeu de données, que vous avez analysé pour le travail personnel du module 3.

Nous vous fournissons un fichier avec les résultats d’analyse différentielle pour une partie des gènes humains (AML_edgeR_DEG_table_top500.tsv).

But du travail

Le but de ce travail est de créer un réseau décrivant les interactions entre les 100 gènes les plus significatifs (P-valeurs ajustées les plus faibles), d’en fournir une représentation visuelle pertinente, sur laquelle le rapport d’expression (fold-change) sera affiché par un gradient de couleur. Les interactions seront collectées directemenet à partir de CytoScape en utilisant par exemple PSICQUIC. N’hésitez pas à utiliser des filtres pour enlever les noeuds non pertinents. Attention aux noms de gènes pour la recherche des interactions et pour la correspondances avec la table des données d’expression. Utilisez toujours les symboles HGNC.

Rendu

• Une figure du réseau (png)
• Un export de votre session CytoScape (en format cys)
• Un rapport d’une page maximum expliquant la procédure que vous avez utilisée, et fournissant quelques clés d’interprétation des résultats, en termes de topologie du réseau, et du point de vue biologique.

Date-limite

Les rapports devront être déposés sur le moodle DU-Bii avant le lundi 3 juin à 18h00.