Projets tutorés DUBii

• Plan de gestion des données
• Description de vos métadonnées
• Logigramme de vos analyses

Plan de gestion des données

Au fil des semaines de formation, chaque apprenant sera amené à définir un plan de gestion des données (PGD, ou DMP pour Data Management Plan) pour son projet tutoré.

Vidéoconférence pour le démarrage de votre PGD

Nous organiserons le 12 mars de 10h30 à 12h une vidéoconférence pour vous aider à démarrer votre PGD.

Les diapos présentées lors du webinaire de Paulette Lieby et Frédéric de Lamotte le 12 mars 2021 sont disponibles ici :

Présentation - Introduction DMP Opidor

Cette description servira d’une part à établir le dialogue triangulaire entre vous, votre tuteur de plateforme, et votre encadrant académique. Elle permettra à chacun de prendre connaissance de la nature des données, et de s’appuyer sur cette connaissance pour mettre concevoir le design des analyses bioinformatiques. Les documents que vous préparerez serviront en outre d’amorce pour constituer les “métadonnées” que vous devrez pouvoir produire pour soumettre vos données dans une base de données de référence.

Deux heures ne suffiront pas, loin s’en fait, pour disposer d’un PGD complet, mais les animateurs pourront

• vous expliquer les principes généraux
• vous indiquer comment créer un premier jet de PGD sur OPIDoR
• répondre à vos questions sur la façon d’organiser votre PGD.

Vous pourrez ensuite poursuivre la description du PGD, qui vous demandera sans doute de discuter avec les différents acteurs ilmpliqués dans votre projet (plateformes de production des données, bioinformaticiens de vos labos, biologistes qui participent aux expériences, …).

Intervenants

1. Paulette Lieby, IFB-core
2. Jean-François DUfayard, IFB
3. Frédéric de Lamotte, INRAe (0000-0003-4234-1172)
4. Jacques van Helden, IFB-core (0000-0002-8799-8584)
5. Hélène Chiapello, IFB
6. Bertrand Cosson, Université de Paris
7. Pierre Poulain, Université de Paris

Ressources

Nom	Description	URL
OPIDoR DMP	Outil de création de PGD, prochainement depôt et maDMP	https://dmp.opidor.fr/plans
OPIDoR DMP	Une sélection de modèles de PGD	https://dmp.opidor.fr/public_templates
OPIDoR DMP	Quelques PGDs rédigés et publics	https://dmp.opidor.fr/public_plans
	Quelques slides PGD	https://github.com/DU-Bii/projets-tutores-DUBii/blob/master/12_gestion-des-donnees_pl.pdf

Guide PGD : commencer à rédiger un Plan de Gestion de Données

• s’assurer que l’on ait un compte pour accéder à DMP Opidor à https://dmp.opidor.fr/
• une fois connecté, aller sur l’onglet “Modèles de DMP” (cliquer) : s’affichera une liste de modèles PGD. Il s’agit de choisir un de ces modèles comme base du PGD à créer et rédiger
• chercher le modèle “INRAE - Trame générique projet” (note : ceci n’est pas une obligation, on peut choisir un modèle alternatif ; tous les modèles permettent de renseigner les éléments soulignés ci-dessous, de manière plus ou moins explicite) ; cliquer sur l’icon “+” : ceci va créer un nouveau PGD dans votre compte avec comme base le modèle choisi.
• la rédaction du PGD peut démarrer

Éléments qui doivent figurer à minima dans le plan

1. Description des données
   • types de données (généralement 2 ou 3 omiques différentes)
   • nombre d’échantillons, conditions, …
   • origine des données (quelles plateformes produisent chaque type de données)
2. Estimation du volume des données à téléverser dans l’espace-projet
   • données propres
   • données importées (par exemples d’autres publications)

3. Estimation du volume des données générées par les workflows pendant la phase d’analyse.

4. Que deviendront les données à l’issue du projet tutoré (fin juin) ?
   • Poursuite des analyses sur le cluster IFB-core (ou autre serveur utilisé pendant le tutorat) ?
   • Rapatriement vers les ordinateurs de votre institut ?
   • Transfert vers d’autres serveurs ?
5. Y a-t-il une solution pour assurer la conservation sécurisée de ces données ?
   • pendant la durée du projet
   • à l’issue du projet (éventuellement via les dépôts internationaux)

   Avertissement / rappel : les serveurs de calcul de l’IFB offrent un service de stockage à chaud, sans garantie de pouvoir les retrouver en cas de pépin (effacement accidentel, panne de nos machines…)

6. Préservation à long terme.
   • A l’issue du projet, quelle partie des données devra être préservée, et quelle partie pourra être effacée ?
   • Avez-vous identifié des centres de stockage qui assureront la préservation à long terme (indépendamment des dépôts) ?
7. Accessibilité
   • dans quels dépôts ces données seront-elles entreposées ?
   • quel sera leur statut d’accessibilité ?
   • à quel moment seront-elles transférées dans les dépôts ?
     • pendant le projet, avec un éventuel embargo ?
     • à l’issue du projet ,

Description de vos métadonnées

Nous vous demandons de créer un tableau avec un onglet par jeu de données en précisant les informations suivantes pour chaque jeu de données :

• prévoir une ligne par échantillon de données
• une colonne par attribut: génotype, traitement, conditions, volume, numéro de réplique, identifiant fourni par la plateforme de production de données, … ou toute autre information pertinente pour décrire un échantillon.

Préparez également un onglet séparé fournissant une description synthétique de chaque jeu de données:

• type
• volumétrie globale des données brutes
• plateforme de production
• site actuel de stockage
• …

Logigramme de vos analyses

Nous demandons à chacun de dessiner un organigramme conceptuel (logigramme, flowchart) qui exposera la logique de son workflow d’analyse, en utilisant l’outil draw.io.

Votre logigramme pourra être complété au fil des cours, en ajoutant les différentes étapes et outils que vous envisagez d’utiliser. Il servira de base pour discuter de votre projet avec votre tuteur, et élaborer le workflow qui mettra ces analyses en oeuvre.