Activités préparatoires et prérequis

L’objectif de ces activités préparatoires est de vous faire acquérir quelques compétences de base, notamment en Unix, Python et R.

Ces activités sont à terminer avant le début des cours, soit le lundi 1 mars 2021, 10h00. La réalisation de ces activités est essentielle pour le bon déroulement de la formation. Rassurez-vous néanmoins, nous aurons l’occasion de revoir ensemble toutes les notions abordées dans les activités préparatoires lors des premiers cours. Vous pourrez alors poser toutes vos questions.

Unix

Cours Unix Introduction - IFB sur le site Katacoda.

Chapitres à traiter :

• Basics of the Unix command line interface
• Manipulating files and directories
• Manipulating data

L’accès à ce site est gratuit. vous devrez simplement vous créer un compte ou vous authentifier avec votre compte GitHub, LinkedIn, Twitter ou Google.

Temps estimé : 3 heures.

Pour terminer, remplissez ce questionnaire afin que nous évaluons les connaissances retenues lors du travail préparatoire.

Python

Dans un premier temps, visionner la vidéo d’introduction à la programmation.

Nous vous demandons ensuite de travailler notre ressource Python en ligne, en particulier les chapitres suivants :

1. Introduction

2. Variables et les exercices :

• 2.11.1 Prédire le résultat : opérations
• 2.11.2 Prédire le résultat : opérations et conversions de types

3. Affichage et les exercices :

• 3.6.2 Poly-A
• 3.6.4 Écriture formatée

4. Listes et les exercices :

• 4.10.1 Jours de la semaine
• 4.10.2 Saisons

5. Boucles et comparaisons et les exercices :

• 5.4.1. Boucle de base
• 5.4.2. Boucle et jours de la semaine
• 5.4.5. Calcul de la moyenne

Temps estimé : 5 heures.

Pour les exercices, nous vous invitons à utiliser le serveur Basthon qui vous permettra de coder en Python sans rien installer sur votre machine. L’application est constituée de deux panneaux : un éditeur de texte à gauche et un interpréteur Python à droite. Entrez vos instructions Python dans l’éditeur à gauche, puis cliquez sur le bouton « Exécuter » (en bas à gauche) et vous obtiendrez le résultat dans l’interpréteur à droite.

Pour terminer, merci de prendre quelques minutes supplémentaires pour remplir ce questionnaire afin que nous évaluons les connaissances retenues lors du travail préparatoire.

Remarque : lors du premier cours, nous vous fournirons un polycopié complet du cours. Inutile donc de l’imprimer de votre côté.

R et statistiques

R:

Pour les activités préparatoires sur R, nous vous proposons de suivre le fil du diaporama. Un script R correspondant aux commandes du diaporama vous est fourni.

1. Tout d’abord vous ferez vos Premiers Pas avec R (diapositives 3 à 22) avec des liens vers 4 vidéos et 4 quizz d’autoévaluation.

   Temps estimé : 1 h

2. Ensuite (diapos 23-24) vous pratiquerez certaines notions de manière interactive avec le paquet d’autoapprentissage SWIRL : leçons 1 et 3 à 6 du chapitre « 1. R programming »

   Temps estimé : 2h30 (15 à 30 minutes par leçon)

3. Puis vous approfondirez la manipulation des vecteurs et des matrices (diapos 25 à 47).

   Temps estimé : 30 minutes

4. 10 exercices sur les vecteurs vous sont proposés. Les corrections et des explications complémentaires à lire vous seront communiquées le 15/02/2021.

   Temps estimé : 1h30 minutes Corrections

À l’issu de ces activités, vous devriez être capable de :

• vous orienter dans votre répertoire de travail ;
• trouver de l’aide sur les fonctions R ;
• citer quelques exemples de types de variables et d’objets ;
• créer et manipuler de manière approndondie les vecteurs qui sont les objets de base en langage R ;
• créer et manipuler des matrices (de façon basique).

statistiques:

Pour les statistiques, nous vous recommandons de revoir vos cours de base sur les notions suivantes:

• population et d’échantillonage
• tests d’hypothèse

Il existe de nombreuses ressources pour se remémorrer ces notions. La série points of significance publiée par Nature Methods propose de courts articles pour les biologistes débutants en statistiques et nous semble un bon point de départ. Nous vous encourageons à lire les numéros suivants:

• Importance of being uncertain
• Significance, P values and t-tests
• Power and sample size
• Comparing samples—part I

Temps estimé : 1h-1h30 minutes

Pour finir, pouvez-vous s’il vous plaît remplir ce questionnaire afin que nous évaluions les connaissances retenues lors du travail préparatoire?