Synopsis

L’objectif de ce module est de vous familiariser avec l’environnement Unix, les principales commandes du shell et l’utilisation d’un cluster de calcul.

Liens utiles

Rappel des prérequis : https://du-bii.github.io/accueil/activites_preparatoires/
Lien court vers cette page : https://huit.re/dubii-m1
Le serveur Jupyter Hub de l’IFB : https://jupyterhub.cluster.france-bioinformatique.fr/

Intervenants

Hélène Chiapello, INRAE, <helene.chiapello@inrae.fr> (co-responsable)
Pierre Poulain, Université de Paris, <pierre.poulain@univ-paris-diderot.fr> (co-responsable)
Benoist Laurent, CNRS, <benoist.laurent@ibpc.fr>
Julien Seiler, IGBMC, <seilerj@igbmc.fr>
Thomas Denecker, IFB, <thomas.denecker@france-bioinformatique.fr>
Paulette Lieby, IFB, <paulette.lieby@france-bioinformatique.fr>

Séance 1 - Premiers pas

Lundi 01/03/2021 après-midi
Instructeurs : Hélène Chiapello & Pierre Poulain
Helpers : Benoist Laurent, Paulette Lieby & Thomas Denecker

Introduction - Tutoriel - Bonnes pratiques

Séance 2 - Gestion de flux et extraction de données

Mardi 02/03/2021 après-midi
Instructeurs : Hélène Chiapello & Benoist Laurent
Helpers : Pierre Poulain, Paulette Lieby & Thomas Denecker

Présentation - Tutoriels : Extraction et flux de données, Expressions régulières, Compression et archivage, Travail à distance (ssh & scp)

Séance 3 - Automatisation

Jeudi 04/03/2021 matin
Instructeurs : Benoist Laurent & Hélène Chiapello
Helper : Pierre Poulain & Thomas Denecker

Présentation - Tutoriels : rsync, scripts Bash, scripts Bash NGS

Séance 4 - Utilisation d’un cluster de calcul

Mardi 09/03/2021 matin
Instructeurs : Julien Seiler & Pierre Poulain
Helpers : Hélène Chiapello, Benoist Laurent, Olivier Sand & Thomas Denecker

Présentation - Learn SLURM in 5 minutes

Évaluations

QCM #1. Pour le vendredi 5 mars 18h00.

QCM #2. Pour le vendredi 12 mars 18h00.

Mini-projet. Pour le vendredi 19 mars 18h00.

Ressources complémentaires

Bibliographie / webographie

Installer un shell Linux sur sa machine

Licence

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