module-5-Methodes-Outils

Méthodes et outils bioinformatiques pour l'analyse des données à haut débit

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DU-Bii - modules 4 & 5 - Production de données, Méthodes et outils bioinformatiques pour l’analyse des données à haut débit

Responsables des Modules 4 & 5

Intervenants

Synopsis

Séance 1 - First steps with NGS data

Supports Formats
INTRODUCTION AU SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT POUR LA GÉNOMIQUE 1 [pdf]
First steps with NGS data [html]
TP [html]

Séance 2 - Protéomique

Supports Formats
Production of omics data: Proteomics [pdf]
TD module production de données omics – protéomique [pdf]
DATA [MGF-test-Mascot.txt] [gene_association.cgd] [280520-Candida-albicans-protein-measurements-label-free.xlsx]

Séance 3 - Bonnes pratiques

Supports Formats
Bonnes pratiques en bioinformatique : (essayer) d’aller vers plus de reproductibilité [html]
TP [html]

Séance 4 - Metabolomics

Pré-requis :

Notions générales de métabolomique :

Temps estimé : 40 minutes.

Partie pratique :

Nous vous demandons de :

Temps estimé : 30mn à 1h.

A l’issu de ces activités préparatoires, vous aurez :

En cas de blocage ou de question, n’hésitez pas à partager vos questions sur le channel help de Slack.

Supports Formats
Cours [pdf]
Lien exerice conversion de fichiers [zip]
Présentation Workflow4metabolomics [pdf]
Support Galaxy Training [pdf]

Séance 5 - Transcriptomics

:memo: https://jupyterhub.poc-nncr-ifb.fr/

:memo: ssh -XY login@hpc.poc-nncr-ifb.fr

Supports Formats
State of the art [pdf]
Oxford nanopore Technology How It Works [mp4]
Pacific BiosScience How It Works [mp4]
RNAseq processing [pdf] [html]
what2do_with_count_table_diffan [pdf] [html]
tablecounts_raw.csv [csv]
tablecounts_raw_ensembl.csv [csv]
tablecounts_tpm.csv [csv]
SAMPLE_PLAN [txt]

Séance 6 - Croisement de données

Supports Formats
Slides [html]
TP [html]