Méthodes et outils bioinformatiques pour l'analyse des données à haut débit
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INTRODUCTION AU SÉQUENÇAGE À HAUT DÉBIT POUR LA GÉNOMIQUE 1 | [pdf] |
First steps with NGS data | [html] |
TP | [html] |
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Production of omics data: Proteomics | [pdf] |
TD module production de données omics – protéomique | [pdf] |
DATA | [MGF-test-Mascot.txt] [gene_association.cgd] [280520-Candida-albicans-protein-measurements-label-free.xlsx] |
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Bonnes pratiques en bioinformatique : (essayer) d’aller vers plus de reproductibilité | [html] |
TP | [html] |
Notions générales de métabolomique :
Temps estimé : 40 minutes.
Partie pratique :
Nous vous demandons de :
Créer un compte sur l’instance Galaxy (menu Authentification et Enregistrement). Pour les académiques, vous devriez pouvoir utiliser le bouton “Elixir login” avec vos authentifiants institutionnels. Pour les non-académiques vous pouvez utiliser le lien “Don’t have an account? Register here.” sur cette même page.
Pour ceux n’ayant jamais utilisé Galaxy, suivre le tutoriel A short introduction to Galaxy
Faire les premieres étapes du tutoriel Mass spectrometry: LC-MS analysis jusqu’à la partie “1.2. Data preparation for XCMS: MSnbase readMSData” comprise. C’est ce tutoriel qui sera suivi en TP.
Temps estimé : 30mn à 1h.
A l’issu de ces activités préparatoires, vous aurez :
En cas de blocage ou de question, n’hésitez pas à partager vos questions sur le channel help de Slack.
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Cours | [pdf] |
Lien exerice conversion de fichiers | [zip] |
Présentation Workflow4metabolomics | [pdf] |
Support Galaxy Training | [pdf] |
:memo: https://jupyterhub.poc-nncr-ifb.fr/
:memo: ssh -XY login@hpc.poc-nncr-ifb.fr
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State of the art | [pdf] |
Oxford nanopore Technology How It Works | [mp4] |
Pacific BiosScience How It Works | [mp4] |
RNAseq processing | [pdf] [html] |
what2do_with_count_table_diffan | [pdf] [html] |
tablecounts_raw.csv | [csv] |
tablecounts_raw_ensembl.csv | [csv] |
tablecounts_tpm.csv | [csv] |
SAMPLE_PLAN | [txt] |
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Slides | [html] |
TP | [html] |